Управление мультизональной системой может выполняться посредством пульта центрального управления. Центральный пульт регулирует работу всех имеющихся внутренних блоков. Он позволяет включать их и выключать, настраивать основные параметры кондиционирования и просматривать коды неисправностей. Кроме того, к центральному устройству можно подключить таймер, который будет задавать программу работы блоков. Центральный пульт не исключает возможность оборудования каждого блока отдельным пультом ДУ.